Az egykori Dunaágból létrejött Őrjeg (Sár, Turján, Vörös mocsár) a táj keleti határaként zárt területet hozott létre, amely valószínűleg azonos az Anonymus által írott Nagy szigettel, amelyet a fejedelmi család szállott meg. E vízjárta terület jellegét nagymértékben megváltoztatta a múlt század eleje óta folyó ármentesítés. Mára inkább csak a falu határának földrajzi nevei emlékeztetnek a hajdani vízivilágra. A tőzegtelepen, réteken, legelőkön kívül leginkább szántóföldeket látunk mindenfelé.

Homokmégy területét évezredek óta lakták. Az alapos terepbejárások, a véletlenül előkerült és a tervszerű ásatásokkal felszínre hozott leletek a Körös-kultúrától a keltákon, szarmatákon, hunokon, germánokon, avarokon keresztül vezetnek a magyarokig. A halomi fejedelmi központ feltárásakor még egy szenzációs rovás-írásos lelet is előkerült. ('Tíznyilas tegezzel győzz!') Bizonyos leletekből a keleti kereszténység jelenlétére lehet következtetnünk.

Homokmégy határában van a tájegység legmagasabb pontja a Halomi-högy (106 m), ahol szőlőművelés közben bronzkori edényeket találtak. Később avar kori temető, majd gazdag honfoglalás kori sírok, aztán X-XI. századi sírok kerültek elő ezen a környéken. Az Árpád-korban a halom oldalán királyi udvarház létesült, amelyet I. Béla 1061-ben a szekszárdi apátságnak adományozott.

Az 1444-ben említett középkori Homokmégy, miként a szomszédságában lévő többi falu is, a török hódoltság idején elpusztult. Az elnéptelenedett falvak határait a közeli túlélő települések népe igyekezett birtokba venni. Így történt ez a kalocsai pusztákkal is, amelyek idők folyamán a kalocsai jobbágyok telki földjeivé váltak, mint a város külső határa. Itt létesítettek csoportos, utcás (nem szétszórt tanyás) tartozék településeket, amelyekben telente a jószágokat tartották, s csak férfiak lakták, nyaranta viszont az öregek kivételével az egész család kiköltözött oda a mezei munkák végzése céljából. A partos helyeken földművelést folytattak jó ideig újraosztásos földközösségben, a mélyebb területeken pedig állatokat legeltettek. 1880 körül már a homokmégyiek állandóan lakják szállásaikat, haranglábakat, Mária képeket állítanak. A mai Homokmégy területe a XVIII-XIX. században Kalocsa város határához tartozott. A kalocsai alsószállások önállósodásával 1898-ban lett önálló község.

Római katolikus plébánia 1877-ben létesült, anyakönyveit 1878-tól vezetik. 1878-ban Szent Adalbert tiszteletére szentelték fel új templomot.
Homokmégy lélekszáma az 1890. évi 951-ről 1941-re 3043-ra szaporodott. A lakosság majdnem 100 %-ig a mezőgazdaságból élt. 43 %-a 1-5 holdon, 21 %-a 0-1 holdon, 32 %-a pedig 5-50 holdon gazdálkodott.
1938-ban László Gyula avar kori temetőt tárt fel Halomban, ásatásának anyagát a Nemzeti Múzeum őrzi.
1945 után sokat fejlődött a község infrastruktúrája (villany, óvoda, könyvtár, kultúrház, lakások, ártézi kút, vegyesboltok).
1954 és 1973 között több népzene-kutató és győjtő fordult meg a faluban.
1963-ban a Magyar néprajzi Atlasz egyik gyűjtőpontja Homokmégy volt.
1996-ban az alsómégy-homokmégyi földút mellett X-XI. századi sírokat ástak ki. Az Őrjeget - mintegy 1000 hektáros tőzegtelepeivel, legelőivel, kaszálóival -1997-ben az önkormányzat természetvédelmi területté nyilvánította.

Jelentős az itteni hímző háziipar, híres tojásfestő-, pingáló- és hímző asszonyok szülőhelye Homokmégy. Az utóbbi időben egyre jelentősebbé válik a vadászturizmus is Homokmégy életében.

Népművészeti és régészeti gyűjtemények a Viski Károly Múzeumban

1998-ban a Homokmégyért Alapítvány gondozásában jelent meg a Romsics Imre által szerkesztett Homokmégy - Tanulmányok Homokmégy történetéből és néprajzából című kötet, amely a település történetét tárja elénk.